Di usia remaja yang sedang mencari identitas diri, SMP Kristen MDC Surabaya mengembangkan kemampuan akademik, keterampilan, dan karakter siswa ke tingkat yang lebih tinggi dengan berpusatkan pada Firman Tuhan sehingga mereka siap menghadapi tantangan hidup dalam era globalisasi abad 21.

Selain kemampuan yang bersifat akademik, siswa SMP Kristen MDC Surbaya juga dibekali dengan materi kepemimpinan, sehingga mereka memiliki skil dan karakter sebagai seorang pemimpin Kristen. Materi kepemimpinan yang diberikan kepada siswa meliputi Leadership Awareness, Self Confidence, Communicating Ideas, Team Building, Project Planning, dan Reflection Skill.

Dua program unggulan lain dari SMP Kristen MDC adalah Socio Cultural Study dan Science Study Centre. Lewat program Socio Cultural Study, siswa SMP MDC belajar mengenai budaya dan adat masyarakat lokal, mengenal dan melestarikan budaya nasional, mempelajari terbentuknya masyarakat berdasarkan demografi, mempelajari situs-situs bersejarah, dan mempelajari perekonomian terpadu dari sebuah desa mandiri. Dari pembelajran tersebut, siswa diharapkan memiliki kemandirian, identitas budaya sebagai bangsa, wawasan nasional yang komprehensif, konsep perekonomian mandiri, dan pemahaman tentang kependudukan.

Sementara itu, melalui program Science Study Centre, siswa dilatih untuk memiliki wawasan dan kemampuan untuk mengaplikasikan pembelajaran sains dalam bentuk teknologi terapan. Teknologi ini sifatnya murah dan mudah untuk diaplikasikan (pompa hidrolik ram, pengering tata surya, penyaring air, VCO, bio-gas, dll). Lewat pembelajaran ini siswa diharapkan memiliki kepedulian akan kebutuhan masyarakat dalam penggunaan teknologi terapan.